Принцип работы основан на одновременном использовании двух сфокусированных пучков:
- Электронный пучок (СЭМ) — для получения высококачественных изображений поверхности с нанометровым разрешением.
- Ионный пучок (FIB) — обычно на основе ионов галлия (Ga+) или (в более новых системах) на основе плазмы (PFIB) — для точного травления материала, осаждения защитных слоёв (платина, углерод, диоксид кремния, вольфрам) и модификации образца.
Возможность наблюдения в реальном времени за процессом ионной обработки является ключевым преимуществом FIB‑SEM.
Ключевое отличие от обычного СЭМ заключается в наличии ионной колонны, которая превращает микроскоп из пассивного инструмента наблюдения в активный инструмент нанофабрикации и пробоподготовки.